Geboren am 15. September 1898 in Pettenbach erlernte Karl Ammer den Beruf eines Schlossers und war als Maschinist tätig. Über seine Jugend ist nur sehr wenig bekannt. Im Jahre 1912 zog Karl Ammer von seinem früheren Wohnort in Linz-Urfahr, wo er vermutlich einen Teil seiner Kindheit verbrachte, nach Wels und war ab diesem Zeitpunkt in der Dr. Groß Straße als wohnhaft gemeldet. Vermutlich war er bereits am legendären Titania-Streik 1912 in Wels beteiligt.

1916 wurde er zum Militärdienst einberufen und war als Gefreiter im Fronteinsatz bis er 1918 wieder nach Wels zurückkehrte. 1919 wurde die Welser KPÖ-Organisation gegründet, der Karl Ammer beitrat. Später wurde er arbeitslos und widmete sich vollständig der Arbeit für die KPÖ. 1929 setzte sich die Welser KPÖ-Leitung aus Karl Ammer, Hans Klausmair, Max Machlinger, Franz Schöringhumer und Sepp Zwirchmayr zusammen.

Auch nach dem Verbot der KPÖ am 26. Mai 1933 blieben die Kommunisten tätig. So wurden noch verschiedene Aktionen, wie z.B. das Hissen der Fahne des kommunistischen Jugendverbandes auf dem Fabrikschlot der Firma Estermann am ersten Jahrestag der Februarkämpfe von 1934 durchgeführt. Nach dem Februar 1934 war Ammer als Gebietsleiter der Welser Roten Hilfe aktiv.

Ab diesem Zeitpunkt wurde er vermutlich von der Polizei überwacht, da er als aktiver Kommunist galt. So kam es auch dazu, dass die Polizei den Befehl erteilte, Karl Ammers Haus in der Bernadingasse, in der er von Jänner bis September 1935 lebte, zu durchsuchen. Bei dieser Durchsuchung wurde ein Dolch gefunden, für den Karl Ammer eine Berechtigung brauchte, die er nicht besaß. Der Dolch wurde beschlagnahmt und Karl Ammer wurde am 9. Mai 1935 zu einem Bußgeld in Höhe von zehn Schilling zahlen. Von diesem Vorfall gibt es zahlreiche Akte, die schon auf die Überwachung Ammers hinweisen. In der Anklage wurde er als Witwer, arbeitslos und Untermieter in Wels, Bernardingasse 2, bezeichnet.

1937 tauchte Karl Ammer im englischen Jersey unter, da er sich in Österreich nicht mehr sicher fühlte. Dort blieb er allerdings nur ein Jahr und kehrte danach wieder nach Wels zurückkehrte, weil er hier als Parteiobmann gebraucht wurde. Im Jahre 1938 kämpfte Karl Ammer gemeinsam mit anderen KPÖ-Aktivisten gegen den Anschluss Österreichs an Hitler-Deutschland.

In einem am 16. August 1938 von der Gestapo erstellten „Verzeichnis oberösterreichischer Kommunisten” wird Ammer als „Obmann der Roten Hilfe, Ortsgruppe Wels, und Gebietsleiter des antifaschistischen Komitees in Wels“ bezeichnet: „Er hielt sich 1937 14 Tage in Wels auf und hat mit Gesinnungsgenossen in Wels Fühlung genommen und wurde unter einem Decknamen telegrafisch nach England zurückgerufen. Er ist nach wie vor agiler Kommunist” heißt es weiter in dem Gestapo-Bericht.

1940 gab Ammer mit Johann Klausmaier, Franz Schöringhumer und Franz Loher den Anstoß zur Fortsetzung der illegalen Arbeit der KPÖ in Wels. Die von der Gestapo als „Welser Gruppe“ bezeichneten KPÖ-Gruppen in Wels wurden von Ludwig Hartl, Karl Müller, Karl Ammer, Karl Scharrer, Richard Dietl und Hermann Höllermann geleitet. Ab 1941 wurden nach und nach zahlreiche Aktivisten der KPÖ von der Gestapo verhaftet. Dennoch führten die Kommunisten unter Leitung von Karl Ammer weiterhin zahlreiche Aktionen durch.

Karl Ammer war 1938 bis 1944 Bezirksobmann der KPÖ-Wels. Die näheren Umstände seiner Verhaftung liegen noch im Dunkeln. Als Vorwand für die Verhaftung galt wohl vor allem, dass er Obmann der Ortsgruppe der Kommunistischen Partei und Obmann der Roten Hilfe in Wels war. Karl Ammer wurde nach Mauthausen gebracht, wo er laut Protokoll am 16. Februar 1945 ermordet wurde.

Der Name von Karl Ammer scheint gemeinsam mit zahlreichen anderen Widerstandskämpfern auf der Gedenktafel im Pollheimerpark auf. Am 14. August 2008 wurde im Rahmen einer würdigen Veranstaltung beim Haus Goethestraße 21 auch für Karl Ammer ein „Stolperstein“ verlegt.